新生儿贫血的原因有多种。一般来说，胎儿期失血、红细胞破坏过多以及红细胞生成减少等都可能引发新生儿贫血。比如，胎儿期通过胎盘输血给母体或另一胎儿，可能导致胎儿失血，从而引起贫血；还有母婴血型不合，像ABO血型不合或Rh血型不合，会使胎儿红细胞遭到破坏，引发溶血性贫血；另外，胎儿自身红细胞生成相关因素异常，也可能造成红细胞生成减少进而导致贫血。
一、胎儿期失血导致的贫血
胎盘输血所致： 当双胎妊娠时，可能出现双胎之间的输血情况，即一个胎儿（受血儿）从另一个胎儿（供血儿）获得过多血液，而供血儿就会发生失血，进而引发贫血。这种情况在双胎中的发生率约为5% - 15%。胎 - 母输血： 胎儿血液通过胎盘流向母体，这可能是由于胎盘存在微小血管破裂等情况。如果胎 - 母输血较多，就会使胎儿失血，导致新生儿贫血，这种情况有时可能不易被察觉。
二、红细胞破坏过多引起的贫血
母婴血型不合：
- ABO血型不合： 母亲血型为O型，胎儿血型为A型或B型时容易发生。因为母亲体内存在抗A或抗B抗体，这些抗体可通过胎盘进入胎儿体内，破坏胎儿红细胞，一般在新生儿出生后2 - 3天内出现黄疸、贫血等症状，其发生率相对较高，约占新生儿溶血病的一半左右。
- Rh血型不合： 母亲Rh阴性，胎儿Rh阳性时可能发生。母亲初次接触胎儿Rh阳性红细胞后，体内会产生抗体，再次妊娠时抗体进入胎儿体内，破坏红细胞，这种情况相对ABO血型不合较少见，但一旦发生，病情往往较重，可能导致胎儿严重贫血甚至水肿等情况。
三、红细胞生成减少导致的贫血
造血物质缺乏：
- 铁缺乏： 虽然胎儿在孕期会从母体获取铁，但如果母亲铁储备不足，或者胎儿早产等情况，可能导致新生儿铁储备不足。一般足月儿体内铁储备可供生后4 - 6个月造血所需，早产儿铁储备更少，若出生后没有及时补充铁剂，就可能因铁缺乏影响红细胞生成，导致贫血。
- 维生素缺乏： 维生素B12和叶酸缺乏也可能影响红细胞生成。母亲孕期饮食中缺乏维生素B12或叶酸，或者新生儿出生后喂养不当，摄入不足，都可能导致新生儿维生素B12和叶酸缺乏，进而影响红细胞的正常生成，引起贫血。例如，纯母乳喂养的婴儿，如果母亲饮食中缺乏富含维生素B12和叶酸的食物，且未及时给婴儿补充相关营养素，就容易出现这种情况。