肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。比如，肛腺开口于肛窦，当粪便干结等原因造成肛窦损伤时，就容易引发肛腺感染，感染蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的硬物、尖锐异物等可能损伤肛窦，据统计，约有70%的肛周脓肿患者存在不同程度的肛窦损伤情况。比如长期便秘的人，大便干结粗硬，通过肛窦时容易擦伤肛窦，从而为细菌入侵创造条件。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体能起到润滑肛管的作用，但如果肛腺导管发生阻塞，分泌液无法正常排出，就会在腺体内积聚，为细菌繁殖提供了良好的环境，进而引发感染形成脓肿。
身体抵抗力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力相对较弱，约有10% - 20%的糖尿病患者容易并发肛周脓肿。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，且患者自身的抗感染能力下降，使得感染更容易扩散形成脓肿。长期使用免疫抑制剂者： 比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统受到抑制，对细菌等病原体的抵御能力减弱，发生肛周脓肿的风险比正常人高出数倍。这类人群一旦受到细菌感染，很容易发展为肛周脓肿。
局部卫生因素
肛周清洁不到位： 不注意肛周局部卫生，会导致细菌容易在肛周滋生。例如，有些人很少清洗肛门周围，粪便残留等会使细菌大量繁殖，增加了肛周感染的几率，长期如此就可能引发肛周脓肿。据调查，不注重肛周清洁的人群中，肛周脓肿的发生率比经常保持肛周清洁的人群高约3倍。肛门局部损伤后感染： 肛门局部受到外伤，如外力撞击、搔抓等造成皮肤破损，若没有及时正确处理，细菌就会从破损处侵入，引发感染进而形成肛周脓肿。比如经常搔抓肛门皮肤的人，皮肤破损后就容易引发感染，最终导致肛周脓肿的发生。