爆发性心肌炎多由病毒感染引起，其中肠道病毒中的柯萨奇病毒B组最为常见，约占30%~50%。此外，腺病毒、流感病毒等也可能引发该病。
病毒感染相关
肠道病毒感染： 像柯萨奇病毒B组病毒，它会直接侵袭心肌细胞，破坏心肌的正常结构和功能。病毒在心肌细胞内复制繁殖，引发炎症反应，导致心肌细胞受损，进而可能发展为爆发性心肌炎。一般在病毒感染后的1~3周内，容易出现爆发性心肌炎的相关症状。其他病毒感染： 腺病毒感染人体后，也有可能累及心肌。腺病毒可通过血液循环到达心肌组织，引发免疫反应，损伤心肌。流感病毒感染后，也有少数情况会引发爆发性心肌炎，病毒在体内产生的毒素等物质会对心肌造成损害。
自身免疫因素
免疫反应异常： 当人体感染病毒后，免疫系统被激活，机体产生的抗体等免疫物质可能会错误地攻击自身的心肌组织。例如，在病毒感染的情况下，机体的免疫调节出现紊乱，导致自身抗体与心肌细胞表面的抗原结合，引发炎症反应，持续损伤心肌，最终导致爆发性心肌炎的发生。这种自身免疫反应导致的心肌损伤往往较为严重，病情进展迅速。
个体易感性差异
遗传因素影响： 部分人群由于遗传因素，体内的某些基因存在缺陷，使得他们对病毒感染引发爆发性心肌炎的易感性增加。比如某些与心肌细胞修复、免疫调节相关的基因发生突变，就可能导致个体在感染病毒后更容易出现严重的心肌炎症反应，从而引发爆发性心肌炎。基础健康状况： 本身有基础疾病的人群，如患有先天性心脏病等心脏基础疾病的人，在感染病毒时，更容易发展为爆发性心肌炎。因为他们的心肌本身可能就存在一定的结构或功能异常，病毒感染后，心肌的代偿能力下降，炎症反应更容易加剧，导致病情向爆发性心肌炎方向发展。