强直性脊柱炎是一种慢性炎症性疾病，其发病原因目前尚未完全明确，但与遗传、感染和免疫等因素密切相关。研究发现，约90%的强直性脊柱炎患者携带人类白细胞抗原B27（HLA-B27），遗传因素在其中起到重要作用。
遗传因素方面
基因遗传关联： 强直性脊柱炎具有明显的家族聚集倾向，家族中若有亲属患有该病，其他成员患病风险比普通人群高。HLA-B27基因与强直性脊柱炎的关联度较高，携带HLA-B27基因的人群，患强直性脊柱炎的概率比不携带的人高10 - 20倍左右。
感染因素方面
肠道感染影响： 某些细菌感染可能与强直性脊柱炎的发病有关。例如，肺炎克雷伯菌等肠道细菌，其某些成分与人体自身组织有相似之处，人体免疫系统在对抗这些细菌感染时，可能会错误地攻击自身的关节组织，从而引发强直性脊柱炎。有研究表明，部分强直性脊柱炎患者在发病前曾有肠道感染病史。泌尿生殖道感染关联： 沙眼衣原体等泌尿生殖道病原体感染也可能与强直性脊柱炎发病有一定关系。这些病原体感染后，可能通过免疫反应引发关节的炎症病变，进而导致强直性脊柱炎的发生。
免疫因素方面
免疫系统异常： 人体的免疫系统失调在强直性脊柱炎发病中起关键作用。免疫系统中的一些细胞因子和免疫细胞会出现异常活化，导致关节部位发生慢性炎症反应。例如，肿瘤坏死因子 - α（TNF - α）等细胞因子在强直性脊柱炎患者体内水平升高，会促使关节炎症的发生和发展，造成关节的破坏和僵硬等症状。