子宫内膜异位症的发生主要与多种因素相关。目前认为，子宫内膜异位的发生可能与以下几方面有关。首先是经血逆流，据研究，有相当比例的女性存在经血逆流现象，在月经期间，子宫内膜组织随经血逆流通过输卵管进入盆腔，就有可能在盆腔等部位种植生长，从而引发子宫内膜异位症。
经血逆流因素
经期活动影响： 月经期间进行剧烈运动等，会增加经血逆流的几率，比如有些女性经期仍坚持高强度运动，就可能让子宫内膜组织更易逆流到盆腔。生殖道异常： 如果存在生殖道畸形，像阴道闭锁等情况，会阻碍经血正常排出，进而促使经血逆流，增加子宫内膜异位发生风险。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果家族中有直系亲属患有子宫内膜异位症，那么女性患病的风险会比常人高。有研究发现，一级亲属中有患者的女性，患病几率大约是无家族史女性的7 - 10倍。基因相关： 某些特定基因的突变或异常表达也可能与子宫内膜异位症的发生有关，不过具体的基因机制还在进一步研究中。
免疫调节异常
免疫系统功能： 人体免疫系统正常情况下能清除异位的子宫内膜组织，但如果免疫系统出现异常，比如免疫监视功能下降，就无法有效清除逆流到盆腔的子宫内膜组织，使其在局部种植生长。炎症反应参与： 异位的子宫内膜组织会引发局部炎症反应，炎症环境又会促进子宫内膜组织的存活和生长，形成一个恶性循环，导致子宫内膜异位症不断发展。