慢性胃肠炎常见的症状表现多样。一般来说，慢性胃肠炎患者可能会有长期反复发作的消化不良症状，比如大约有半数以上的患者会出现上腹部隐痛，这种隐痛可能会持续较长时间，时轻时重。
胃肠道不适表现
腹痛： 多数患者有腹痛症状，疼痛部位多在中上腹，疼痛性质不一，可为隐痛、胀痛、灼痛等，一般无规律，部分人在进食后会加重。腹胀： 患者常感觉腹部胀满不适，尤其在进食后较为明显，可能会持续数小时甚至一整天。
消化功能相关表现
食欲减退： 约三分之一的慢性胃肠炎患者会出现食欲下降的情况，对食物的兴趣降低，食量减少。恶心呕吐： 部分患者会有恶心感，严重时可能出现呕吐，呕吐物多为胃内容物，一般不含有胆汁。
全身及其他表现
乏力： 长期受慢性胃肠炎困扰的患者，可能会出现全身乏力的症状，精神状态相对较差，活动耐力有所下降。大便异常： 有的患者大便次数增多，变为稀便，每天可能排便3 - 5次甚至更多；也有的患者会出现便秘情况，大便干结，排便困难。部分患者还可能伴有反酸、嗳气等症状。