心脏官能症的治疗药物选择需根据具体症状来定，一般常用调节植物神经功能的药物，比如谷维素，它可以调节植物神经功能，通常一次10 - 30毫克，一日3次。还有β受体阻滞剂，像普萘洛尔，能缓解心悸等症状，不过支气管哮喘患者禁用。
调节植物神经功能的药物
谷维素： 它是从米糠油中提取的一种维生素类药物，能调节植物神经功能，稳定情绪、减轻焦虑紧张等。一般成人一次服用10 - 30毫克，一天吃3次。它副作用相对较少，偶尔可能会有胃部不适、恶心、呕吐等情况，但通常比较轻微。维生素B1： 参与体内辅酶的形成，能维持神经、消化等系统的正常功能。可以口服，成人每次10 - 15毫克，一日3次。缺乏维生素B1可能会影响神经功能，补充后有助于改善心脏官能症引起的一些神经功能紊乱症状。
β受体阻滞剂类药物
普萘洛尔： 属于非选择性β受体阻滞剂，能阻断心脏β受体，减慢心率，减弱心肌收缩力，从而缓解心悸、心动过速等症状。不过支气管哮喘患者、心源性休克患者、Ⅱ - Ⅲ度房室传导阻滞患者等禁用。它通过竞争性阻断β受体发挥作用，使用时要注意监测心率等情况。美托洛尔： 是选择性β1受体阻滞剂，对心脏的β1受体有相对选择性，相比普萘洛尔对支气管影响较小。可用于治疗心脏官能症出现的心悸等症状，口服剂量一般起始为一次12.5 - 25毫克，一日2 - 3次，最大剂量一般不超过一日200毫克。但严重心动过缓、心源性休克等患者禁用。
抗焦虑抑郁药物
黛力新： 是一种复方制剂，含氟哌噻吨和美利曲辛，适用于轻度 - 中度焦虑、抑郁状态的心脏官能症患者。成人通常早晨及中午各服1片，严重病例早晨的剂量可加至2片。它可能会有一些副作用，比如口干、失眠、震颤等，使用时要注意观察。帕罗西汀： 属于选择性5 - 羟色胺再摄取抑制剂，可用于治疗心脏官能症伴随的焦虑、抑郁情绪。一般初始剂量为每日20毫克，早餐时顿服，根据患者反应可每周增加10毫克，最大剂量为每日50毫克。但肝功能不全者、孕妇、哺乳期妇女等要慎用。