扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占病原微生物感染的10%~30%。此外，病毒也是引发扁桃体发炎的重要因素，比如EB病毒、鼻病毒等，不过病毒感染引发的扁桃体发炎通常症状相对较轻。
感染源方面的原因
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能导致扁桃体发炎。例如，肺炎链球菌引起的扁桃体发炎，在儿童群体中较为常见，会出现扁桃体红肿、疼痛，甚至有脓性分泌物等症状。病毒感染： 像EB病毒引起的传染性单核细胞增多症，常常会伴随扁桃体发炎的情况，患者除了扁桃体发炎外，还可能有发热、乏力、淋巴结肿大等表现。鼻病毒引发的扁桃体发炎，症状一般相对温和，可能仅有轻微的扁桃体红肿和轻度疼痛。
自身因素相关原因
免疫力低下： 当人体免疫力下降时，比如长期过度劳累、营养不良、患有慢性疾病等情况，就更容易受到病原微生物的侵袭而引发扁桃体发炎。例如，长期熬夜的人，免疫力会降低，相比作息规律的人，更易出现扁桃体发炎的状况。扁桃体隐窝堵塞： 扁桃体隐窝容易存留细菌和病毒，如果隐窝堵塞，就为病原微生物的滋生提供了有利环境，进而引发扁桃体发炎。比如，一些儿童的扁桃体隐窝较深，更容易积累分泌物，从而增加了扁桃体发炎的风险。
环境因素带来的影响
气候因素： 气温突变时，如从寒冷的环境突然进入温暖的环境，或者相反，人体的呼吸道适应不良，容易导致扁桃体发炎。例如，在季节交替的时候，气温变化较大，扁桃体发炎的患者数量可能会增多。空气污染： 长期处于空气污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体，使扁桃体的防御功能受到影响，增加扁桃体发炎的几率。比如，在工业污染较为严重的地区，居民患扁桃体发炎的可能性相对较高。