子宫功能性出血主要是由内分泌失调引起的，比如下丘脑-垂体-卵巢轴的功能失调，约有70%的患者属于这种情况。
内分泌失调因素
下丘脑-垂体功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素调节垂体促性腺激素的分泌，若下丘脑-垂体功能出现紊乱，就会影响卵巢功能，导致雌激素和孕激素分泌失衡，从而引发子宫功能性出血。比如长期精神紧张、压力过大等，可能会干扰下丘脑-垂体的正常功能。卵巢功能障碍： 卵巢自身的问题也会导致子宫功能性出血。例如卵泡发育异常，不能正常排卵，就会使孕激素分泌不足，子宫内膜不能正常转化，容易出现不规则脱落，引起出血。还有多囊卵巢综合征患者，其卵巢功能异常，也常伴有子宫功能性出血的情况。
全身性疾病影响
血液病： 像血小板减少性紫癜、白血病等血液病，会影响凝血功能，导致子宫出血不易止住，从而引发子宫功能性出血。例如血小板减少性紫癜患者，由于血小板数量减少或功能异常，凝血时间延长，容易出现子宫出血增多、出血时间延长的情况。甲状腺功能异常： 甲状腺功能亢进或减退都会影响内分泌系统，进而影响月经周期，导致子宫功能性出血。甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的调节，引起月经紊乱；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，也会影响内分泌平衡，导致子宫出血异常。
子宫本身病变所致
子宫内膜息肉： 子宫内膜局部过度生长形成息肉，会影响子宫内膜的正常收缩和修复，导致子宫功能性出血。子宫内膜息肉患者可能会出现月经量增多、经期延长等症状。子宫肌瘤： 尤其是黏膜下子宫肌瘤，会使子宫内膜面积增大，影响子宫收缩，导致子宫功能性出血。子宫肌瘤患者可能会出现月经周期缩短、经量增多等表现。