女性肠功能紊乱可使用调节肠道菌群药物、胃肠动力调节药等。一般来说，常用的调节肠道菌群药物有双歧杆菌四联活菌片等，能帮助改善肠道菌群失衡情况。
调节肠道菌群药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，可补充肠道有益菌，调节肠道菌群，一般没有严格的年龄限制，但儿童服用需遵医嘱调整剂量。它能在肠道内生长繁殖，抑制有害菌生长，改善肠功能紊乱引起的腹胀、腹泻或便秘等症状。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠功能。
胃肠动力调节药
多潘立酮片： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解肠功能紊乱导致的腹胀、早饱等症状。成人一般常用剂量是一次1片，一日3次，但孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。它可作用于多巴胺受体，增强胃肠道蠕动，促进消化。莫沙必利片： 选择性促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、肠功能紊乱引起的消化道症状。它适用于餐后饱胀、早饱、上腹胀痛等症状的患者，老年人使用时需密切观察，如有不适及时就医。
对症治疗药物
止泻药： 如蒙脱石散，能吸附肠道内的病原体和毒素，保护肠道黏膜，起到止泻作用。成人及儿童均可使用，急性腹泻时首剂可加倍。对于肠功能紊乱引起的腹泻，可在医生指导下使用，它能快速缓解腹泻症状。通便药： 乳果糖口服溶液可调节结肠的生理节律，治疗慢性或习惯性便秘，用于肠功能紊乱伴有便秘的女性。它不被人体吸收，在肠道内分解成乳酸和醋酸，增加肠道渗透压，保留水分，软化大便，促进排便。但糖尿病患者需慎用，使用时应遵循医生建议。