肠胃功能紊乱可以使用调节胃肠动力的药物、调节肠道菌群的药物等。一般来说，常用的调节胃肠动力药物有多潘立酮等，而调节肠道菌群的药物有双歧杆菌四联活菌片等。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状。它主要是通过阻滞多巴胺受体，从而起到促进胃肠运动的作用。不过，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 可促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良引起的胃肠功能紊乱症状。老年人使用时需注意观察，与一些药物合用时要谨慎，比如与抗胆碱能药物合用时可能会减弱其作用。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的肠胃功能紊乱。儿童可服用该药物，但需在成人监护下使用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌具有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调。服用时应避免与抗菌药物同服，若必须服用，需间隔2-3小时。
抑制胃酸分泌的药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于肠胃功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状有缓解作用。严重肾功能不全者及婴幼儿禁用，老年人使用时需监测肾功能。雷贝拉唑： 通过抑制胃酸分泌来发挥作用，可用于治疗肠胃功能紊乱相关的胃酸过多病症。与其他药物合用时需注意药物相互作用，比如与地高辛合用时，可能会使地高辛的血药浓度升高，需调整地高辛剂量。