肝内胆管结石的症状表现多样，部分患者可能没有明显症状，而有些患者会出现腹部不适等情况。约有1/3的肝内胆管结石患者可能长期没有明显症状，常在体检时偶然发现。
腹部疼痛相关症状
右上腹隐痛： 不少患者会感到右上腹有间歇性的隐痛，这种疼痛可能在进食油腻食物后加重。比如吃了一顿油腻的大餐后，右上腹那种隐隐的胀痛感会更明显。右上腹绞痛： 有的患者会出现右上腹的绞痛，疼痛比较剧烈，就像被东西拧着一样。这是因为结石移动刺激胆管，引起胆管痉挛导致的。
消化系统相关症状
消化不良： 患者可能会有消化不良的表现，比如食欲减退，吃东西没有胃口，还可能伴有腹胀。有时候吃一点东西就觉得肚子胀得难受，不想再吃了。恶心呕吐： 部分患者会出现恶心、呕吐的症状。当结石影响胆管的正常排泄功能时，就可能引发胃肠道的反应，出现恶心，严重时会呕吐。
其他伴随症状
发热寒战： 如果肝内胆管结石引发了胆管感染，患者可能会出现发热、寒战的情况。体温可能会升高，比如体温达到38℃ - 39℃，同时还会伴有怕冷、打寒战的表现。黄疸： 少数患者可能会出现黄疸，表现为皮肤和巩膜发黄。这是因为结石堵塞胆管，影响了胆汁的正常排出，胆红素反流入血，导致黄疸出现。