治疗毛囊炎的药物有多种，一般局部外用药物较为常用，比如2%莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，对常见引起毛囊炎的金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌作用，通常可以缓解轻度的毛囊炎症状。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 主要针对革兰阳性球菌引起的感染，像金黄色葡萄球菌等导致的毛囊炎，直接涂抹在患处，能起到杀菌消炎的作用，使用起来相对方便，一般局部涂抹即可发挥药效。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的病原体也有抑制作用，可用于治疗由葡萄球菌等感染引发的毛囊炎，能帮助减轻炎症、红肿等症状。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就可以发挥作用，它能抑制真菌的生长繁殖，从而改善毛囊炎的状况。特比萘芬乳膏： 同样适用于真菌性毛囊炎的治疗，通过干扰真菌细胞膜的合成来达到抗真菌的效果，帮助消除因真菌感染导致的毛囊炎症状。
中药类外用药
如意金黄散： 这是一种中药制剂，用醋或蜂蜜调成糊状后外敷在毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的功效，对于缓解毛囊炎引起的红肿疼痛等有一定帮助。鱼石脂软膏： 具有温和的刺激性，能起到消肿、消炎、防腐的作用，可用于初期毛囊炎的治疗，促进炎症的消退。不过，在使用药物治疗毛囊炎时，还需要注意保持皮肤清洁卫生，避免搔抓患处，防止感染加重。如果毛囊炎比较严重，或者反复发作，可能还需要结合口服药物等其他治疗方法，并且不同的个体对药物的反应可能会有所不同，具体的用药还需要在医生的指导下进行，医生会根据毛囊炎的具体病因、病情严重程度等因素来选择合适的药物进行治疗。