毛囊炎的治疗药物需根据病情来选，一般局部外用药物较为常用，比如2%莫匹罗星软膏，对于一些轻症的毛囊炎，使用这类药物可能在数天内看到改善。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 这是一种常用的外用抗生素，主要针对革兰阳性球菌引起的毛囊炎。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥杀菌作用。一般直接涂抹在患处，每天使用2 - 3次。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。用法也是局部外用，适量涂于患处，每日2 - 3次。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌性毛囊炎，酮康唑乳膏就可以发挥作用。它通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢而发挥抗菌作用。通常早晚各使用一次，均匀涂抹在受感染的部位。特比萘芬乳膏： 同样适用于真菌性毛囊炎，能特异性地干扰真菌固醇的早期生物合成，从而发挥抗真菌的功效。使用时取适量乳膏涂抹于患处，一日1 - 2次。
系统用药物
抗生素： 对于病情较为严重、皮疹广泛的毛囊炎患者，可能需要系统使用抗生素。比如头孢类抗生素，不过使用前需要明确患者是否有头孢类药物过敏史。一般根据病情的严重程度和细菌培养及药敏结果来选择合适的抗生素，口服给药，按照规定的剂量和疗程使用。抗真菌药物： 如果是顽固的真菌性毛囊炎，在外用药物效果不佳时，可能会考虑系统使用抗真菌药物，如伊曲康唑。但使用伊曲康唑时需要注意监测肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，并且要严格按照医生的指导用药，根据病情调整剂量和疗程。需要注意的是，在使用药物治疗毛囊炎时，要保持皮肤清洁卫生，避免搔抓等刺激。如果是儿童患有毛囊炎，使用药物时要更加谨慎，尽量选择儿童适用的剂型和药物，并且在医生的指导下使用。同时，不同类型的毛囊炎用药不同，所以首先要明确毛囊炎的类型是细菌性还是真菌性等，然后针对性地选择合适的药物进行治疗。