肠胃菌群失调可能会出现多种症状。一般来说，约有30%-40%的肠胃菌群失调患者会首先出现消化方面的问题。
消化功能相关症状
腹胀： 肠胃菌群失调时，肠道内正常的消化平衡被打破，气体产生和排出失衡，很多人会感觉腹部胀满，尤其是进食后更为明显，有的患者腹胀会持续数小时甚至一整天。腹泻或便秘： 一部分患者会出现腹泻，每天大便次数可能达到3-5次甚至更多，大便性状较稀；而另一部分患者则会发生便秘，排便困难，间隔时间延长，粪便干结。比如有些长期菌群失调的人，腹泻时大便呈水样，便秘时粪便如羊屎状。
全身症状表现
免疫力下降： 肠道菌群与人体免疫力密切相关，菌群失调后，人体免疫力可能受到影响，更容易受到病原体侵袭，表现为经常感冒、生病，而且生病后恢复时间可能比菌群正常时要长。据统计，约有20%-30%的菌群失调患者会出现免疫力下降相关表现。疲劳乏力： 由于肠胃对营养的消化吸收出现问题，身体得不到充足的能量供应，患者会时常感到疲劳，没干什么体力活也容易觉得累，精神状态不佳。
其他相关症状
口腔异味： 肠道菌群失调可能会影响到口腔内的微生态环境，导致口腔内细菌失衡，从而产生口腔异味，这种异味比较顽固，通过简单的漱口等方式往往难以消除。情绪波动： 肠道和大脑之间有双向的“肠脑轴”联系，菌群失调可能会影响神经递质的合成和传递，进而导致情绪出现波动，比如容易焦虑、抑郁或者情绪低落等。