肠道菌群失调症的症状表现多样。一般来说，患者可能会出现消化道方面的不适，比如大约有30% - 50%的患者会有腹泻症状，大便可能呈稀水样或糊状，每日排便次数可增多至3 - 10次不等；也有部分患者会出现便秘情况，排便困难，间隔时间较长。
消化道症状表现
腹泻情况： 肠道菌群失调时，有益菌数量减少，有害菌或条件致病菌大量繁殖，会影响肠道的正常吸收和分泌功能，导致腹泻。这种腹泻有时是间歇性发作，大便中可能没有脓血，但会含有未消化的食物残渣。便秘表现： 当肠道菌群失调使肠道蠕动减慢时，就容易引发便秘。患者排便费力，粪便干结，量少。
全身症状体现
部分患者可能会出现全身乏力的情况，这是因为肠道菌群失调影响了营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应，从而感觉疲惫无力。还有些患者可能会有不同程度的发热，一般是低热，体温在37.5℃ - 38℃左右，这是由于肠道内菌群失调引发炎症反应，刺激机体产生发热应答。
其他相关症状
有些患者会出现腹胀的症状，腹部胀满不适，尤其是在进食后会更加明显。另外，部分患者可能会有食欲减退的情况，对食物的兴趣降低，食量减少。还有少数患者可能会出现恶心、呕吐等症状，但相对来说比较少见。