肠道菌群失调可能出现多种症状。一般来说，约30%-40%的肠道菌群失调患者会有消化系统方面的表现。
消化系统症状表现
腹泻： 这是比较常见的症状之一，每天排便次数可能增多，可达3-5次甚至更多，粪便性状可能稀薄，呈水样便或者糊状便。腹胀： 肠道菌群失调会影响肠道正常的消化和气体代谢，导致肠道内气体积聚，引起腹部胀满不适，有时还会伴有肠鸣音异常。
全身症状体现
免疫力下降相关表现： 肠道菌群失调可能影响身体的免疫功能，使得机体更容易受到病菌侵袭，表现为经常感冒、生病，而且恢复时间可能比正常人长。营养不良迹象： 因为肠道菌群失调会影响营养物质的消化吸收，长期可能导致体重减轻、面色萎黄等营养不良的情况，比如一些患者会出现体重在1-2个月内下降2-3公斤。
精神神经系统症状
情绪改变： 部分肠道菌群失调的人可能会出现情绪波动，比如容易焦虑、抑郁等。有研究发现，约20%左右的肠道菌群失调患者会有不同程度的情绪异常表现。睡眠障碍： 可能出现入睡困难、睡眠浅、易惊醒等睡眠问题，影响正常的休息，进而影响第二天的精神状态。
其他特殊症状情况
皮肤问题： 有些肠道菌群失调的人会出现皮肤问题，如痤疮、湿疹等。这是因为肠道菌群失调影响了身体的整体代谢和免疫平衡，从而反映到皮肤上。口臭： 由于肠道菌群失调，肠道内的一些异常发酵等情况可能导致口气不佳，出现口臭现象，而且这种口臭往往比较顽固，不容易通过简单的口腔清洁完全消除。