肠道菌群失调的症状多样，比如消化系统方面，约有30% - 60%的肠道菌群失调患者会出现腹泻，大便次数增多，每日可达3 - 10次不等，粪便性状稀溏，可能呈水样便或糊状便；而另一些患者会出现便秘，排便困难，间隔时间延长，每周排便次数少于3次。
消化系统症状表现
腹泻： 肠道菌群失调时，有益菌数量减少，有害菌等异常增多，影响肠道正常的消化吸收和屏障功能，导致肠道蠕动紊乱，从而引发腹泻。比如长期使用广谱抗生素后，肠道正常菌群被抑制，就容易出现腹泻症状。便秘： 当肠道菌群失调使得肠道内环境改变，可能影响粪便的形成和排出，导致肠道动力不足等，进而出现便秘情况。像一些老年人肠道功能本身较弱，再加上菌群失调，更容易发生便秘。
全身症状体现
免疫力下降相关表现： 肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群失调会影响肠道免疫屏障功能，使得人体免疫力降低，容易反复出现感冒等感染性疾病。研究发现，肠道菌群失调人群比肠道菌群正常人群感染发生率高出20%左右。营养吸收障碍导致的表现： 肠道菌群参与多种营养物质的代谢和吸收，菌群失调会影响维生素、蛋白质等营养物质的吸收，长期可能导致患者出现消瘦、乏力等症状，儿童还可能影响生长发育，表现为身高、体重增长缓慢。
其他特殊症状情况
情绪相关症状： 肠道和大脑存在“肠 - 脑轴”，肠道菌群失调可能通过这个轴影响神经系统，导致情绪方面的变化。约有20% - 30%的肠道菌群失调患者会出现焦虑、抑郁等情绪问题，比如有的患者会变得情绪低落、对事物缺乏兴趣等。皮肤问题： 部分肠道菌群失调患者可能出现皮肤问题，如痤疮、湿疹等。这是因为肠道菌群失调影响代谢产物的正常排出和皮肤的微生态环境，大约15% - 25%的肠道菌群失调患者会伴随皮肤方面的异常表现。