川崎病的具体病因目前尚未完全明确，但研究认为可能与多种因素有关。目前普遍认为川崎病可能是由感染因素引发的，比如某些病毒、细菌等病原体感染后，诱发了机体的异常免疫反应，从而导致了川崎病的发生。
感染因素相关情况
病毒感染方面： 有研究发现，多种病毒可能与川崎病的发生存在关联，像逆转录病毒、柯萨奇病毒等都被怀疑可能参与其中。不过具体的病毒感染触发机制还在进一步深入研究中，目前还没有确凿证据表明是某一种特定病毒直接导致川崎病，但病毒感染被认为是可能的诱因之一。细菌感染方面： 部分细菌感染也被推测与川崎病有关，比如链球菌感染等。不过和病毒感染一样，还需要更多的研究来明确细菌感染究竟是如何引发机体异常免疫反应，进而导致川崎病的具体过程。
免疫因素相关情况
机体免疫反应异常： 川崎病患者体内会出现明显的免疫激活现象。例如，患者体内的淋巴细胞会被激活，产生大量的细胞因子等免疫物质。这些异常的免疫反应会导致血管的炎症损伤，主要累及全身中小动脉，尤其是冠状动脉容易受到影响。一般认为这种异常免疫反应是在感染等因素的触发下发生的，机体的免疫系统错误地攻击了自身血管等组织，从而引发了川崎病相关的血管炎症病变。免疫复合物形成： 在川崎病的发病过程中，还可能形成免疫复合物。这些免疫复合物会沉积在血管壁等部位，进一步加重血管的炎症反应，导致血管内皮细胞受损等一系列病理改变，从而出现川崎病的各种临床表现，如发热、皮疹、结膜充血、口唇皲裂等症状。
遗传因素相关情况
遗传易感性： 研究发现川崎病具有一定的遗传易感性。有家族聚集性的现象被观察到，也就是说如果家族中有亲属患过川崎病，那么其他家庭成员患川崎病的风险可能会相对增高。不过具体的遗传机制还不十分清楚，可能是多个基因共同作用，再加上环境因素的影响，才会导致个体是否容易患上川崎病。目前已经发现了一些与免疫相关的基因可能与川崎病的易感性有关，但还需要大量的研究来确定具体的遗传关联和作用机制。