扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝内的 debris（碎屑）、细菌、黏液等物质堆积钙化形成的。一般来说，扁桃体隐窝口如果长期堵塞，就容易让这些物质留存，进而形成结石。
隐窝结构相关因素
扁桃体隐窝的特点： 人的扁桃体表面有许多深浅不一的隐窝，这些隐窝就像一些小洞穴。正常情况下，隐窝会有一些分泌物来起到清洁等作用，但如果隐窝比较深且窄，就容易使脱落的上皮细胞、细菌等物质堆积。比如，有研究发现，扁桃体隐窝深度超过2毫米的人，相对更易形成结石。分泌物堆积： 扁桃体不断产生分泌物，包括黏液等。当隐窝内的分泌物排出不畅时，就会和食物残渣、细菌等混合在一起。如果这些混合物质长时间留存，就为结石形成提供了基础。
细菌感染相关影响
细菌的作用： 口腔内存在大量细菌，当细菌在扁桃体隐窝内滋生时，会参与到结石的形成过程中。细菌会分解食物残渣中的有机物等，改变局部的化学环境。例如，某些细菌产生的酶可能会促使矿物质沉积。炎症影响： 扁桃体如果经常发炎，会导致隐窝口水肿、狭窄，进一步阻碍分泌物排出。炎症状态下，局部的细胞代谢等也会发生变化，使得物质更容易堆积钙化。比如，患有慢性扁桃体炎的人，扁桃体结石的发生率相对较高。
口腔卫生状况因素
口腔清洁不到位： 如果平时不注意口腔卫生，没有好好刷牙、漱口，口腔内的食物残渣等更容易残留在扁桃体隐窝内。比如，每天刷牙少于2次的人，扁桃体结石形成的风险可能会增加。不良生活习惯： 长期吸烟、喝酒等不良生活习惯也会影响扁桃体部位的环境。吸烟产生的烟雾等会刺激扁桃体，喝酒会影响口腔的酸碱平衡等，这些都不利于扁桃体隐窝的清洁，从而促进结石形成。例如，每天吸烟超过10支且持续5年以上的人，扁桃体结石的发生几率比不吸烟的人要高不少。