肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。
肛腺感染引发
肛腺开口在肛管齿状线附近的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，进而蔓延至肛腺。肛腺一旦感染，炎症会向周围组织扩散，从而形成肛周脓肿。比如，当大便干结，划伤肛窦，就可能让细菌入侵肛腺，引发感染。
肛门局部损伤相关
- 外伤因素：肛门部位受到外伤，像异物损伤、肛门指检时操作不当等，都可能使细菌侵入肛门周围组织，引发感染形成脓肿。例如，不小心被尖锐异物刺伤肛门周围，就为细菌入侵创造了条件。
- 医源性损伤：一些肛门部位的医疗操作，如肠镜检查时，如果操作不规范，也可能导致肛门周围组织感染，进而引发肛周脓肿。比如肠镜检查时对肛门周围组织造成轻微损伤，若消毒不严格，就容易引发感染。
全身抵抗力下降导致
- 营养不良人群：长期营养不良的人，身体抵抗力较弱，容易受到细菌侵袭。比如一些贫困地区长期以单一食物为主的人群，营养不均衡，患肛周脓肿的风险相对较高。
- 患有基础疾病人群：像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抗感染能力下降，容易发生肛周脓肿。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人要高不少。还有艾滋病患者，自身免疫系统受损，也容易出现肛周脓肿等感染性疾病。