肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而引发感染，进而蔓延至肛腺。据统计，约90%的肛周脓肿与肛腺感染相关。
肛腺感染引发
肛窦损伤： 粪便中的硬物等容易损伤肛窦，比如长期便秘的人，干结的大便通过肛管时就容易擦伤肛窦，细菌趁机侵入肛腺。肛窦一旦受损发炎，炎症就会向周围蔓延，进而波及肛腺。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体起到润滑肛管的作用，但如果肛腺排泄管发生阻塞，分泌液无法正常排出，就会导致肛腺内压力升高，细菌在里面大量繁殖，引发感染，逐渐形成脓肿。
身体免疫力低下因素
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫力会受到影响，白细胞的杀菌能力下降，更容易受到细菌感染。据临床观察，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。比如一位糖尿病患者，血糖长期处于较高水平，平时不注意肛周卫生，就很容易引发肛腺感染，进而发展为肛周脓肿。长期使用免疫抑制剂人群： 像一些器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统被抑制，对细菌的抵御能力减弱，容易让细菌在肛腺处滋生，引发感染形成脓肿。
其他感染扩散导致
直肠炎波及： 严重的直肠炎会使炎症扩散到周围的肛腺区域。例如溃疡性直肠炎患者，肠道黏膜长期处于炎症状态，炎症可能会逐渐累及肛腺，引发肛腺感染，最终导致肛周脓肿。会阴部感染蔓延： 会阴部的其他部位发生感染，如女性的阴道炎、男性的附睾炎等，感染可能通过淋巴系统等途径蔓延至肛周，引起肛周脓肿。比如女性阴道炎患者，如果炎症没有得到及时控制，细菌可能会沿着淋巴管道扩散到肛周，导致肛周组织感染形成脓肿。