小孩半夜发烧39度，可采取药物退烧、物理退烧等方式来处理，若情况严重则需及时就医。
一、药物退烧
小孩半夜发烧达39度已较为严重，属于高烧范畴。若家中备有退烧药，可进行服用，如布洛芬颗粒或对乙酰氨基酚，它们能够起到解热镇痛的作用，进而实现退烧，促使体温逐步回归正常状态。
二、物理退烧
在使用药物退烧的同时，还可借助物理退烧的方法加以辅助。例如用热毛巾擦拭腋窝或腹股沟等部位，这能够发挥散热的功效。而且，要避免给孩子盖得过厚，以防影响散热效果，同时还应及时补充水分，以预防脱水情况的发生。
三、就医
要是发烧状况较为严重，或者出现了高热惊厥的现象，那么最好尽快前往医院的急诊科进行诊治，并配合医生实施适宜的治疗举措。
总之，小孩半夜高烧39度需根据具体情况选择合适的处理方法，密切关注病情变化，必要时及时就医。