脊柱侧弯的发病原因较为复杂，其中约80% - 90%的脊柱侧弯属于特发性脊柱侧弯，其具体发病机制尚未完全明确，但可能与遗传因素有关，比如家族中有脊柱侧弯患者，后代发病风险相对较高。
先天性因素
胚胎发育异常： 在胚胎发育的早期阶段，脊柱的形成出现问题，比如椎体的分节不完全或者形成障碍。例如，部分椎体没有正常分开，或者椎体形态发育异常，这就可能导致脊柱在出生时就存在侧弯的潜在基础。一般通过产前超声检查等手段，有可能发现一些先天性脊柱发育异常的迹象，但并非所有情况都能提前察觉。分节不良： 椎体之间的软骨没有正常骨化，造成椎体之间的连接异常，使得脊柱在生长过程中受力不均衡，从而引发侧弯。这种先天性的分节不良往往需要通过影像学检查，如X线、CT等才能明确诊断。
神经肌肉性因素
神经系统疾病影响： 像脑瘫患者，由于神经系统受损，导致肌肉的控制出现障碍，使得脊柱周围的肌肉力量不平衡，进而引起脊柱侧弯。据统计，约有10% - 20%的脑瘫患儿会合并脊柱侧弯。另外，脊髓空洞症等神经系统疾病也可能影响脊柱的正常力学结构，导致侧弯发生。肌肉病变影响： 一些肌肉疾病，比如进行性肌营养不良症，会使肌肉逐渐萎缩、无力，脊柱周围的肌肉无法维持脊柱的正常生理曲度，长期下来就会引发脊柱侧弯。这类患者往往会随着病情的进展，脊柱侧弯的程度逐渐加重。
综合征型因素
马方综合征： 这是一种遗传性结缔组织病，患者体内的纤维蛋白原合成异常，导致结缔组织发育不良。除了会有心血管系统等多系统的表现外，脊柱侧弯也是常见的症状之一。大约有30% - 50%的马方综合征患者会出现脊柱侧弯，而且侧弯进展速度可能较快。神经纤维瘤病： 患者体内存在基因突变，导致神经纤维瘤在身体多个部位生长，累及脊柱时会影响脊柱的稳定性，引起脊柱侧弯。神经纤维瘤病相关的脊柱侧弯发病率约占所有脊柱侧弯患者的3% - 5%，且病情可能较为复杂，治疗难度相对较大。