脊柱侧弯的发病原因较为复杂，其中约80% - 90%的脊柱侧弯属于特发性脊柱侧弯，病因尚不明确，可能与遗传因素有关，比如家族中有脊柱侧弯患者，其他人患病风险相对较高。
先天性因素导致
胚胎发育异常： 在胎儿发育的早期阶段，脊柱的形成过程出现异常，例如椎体的分节不全或者形成障碍，就可能引发先天性脊柱侧弯。比如部分胎儿在发育时，椎体没有正常分开或者椎体形态发育不正常，从而导致脊柱在出生时就存在侧弯的结构基础。脊柱结构畸形： 先天性脊柱侧弯还可能表现为半椎体等结构畸形，半椎体是指脊柱的椎体只有一半发育，这种异常的椎体结构会使脊柱两侧生长不平衡，进而引起脊柱侧弯。一般通过影像学检查，如X线、CT等可以发现这类先天性的脊柱结构畸形。
神经肌肉因素导致
神经系统疾病： 像脑瘫患者，由于脑部病变影响了对肌肉的控制，导致肌肉力量不平衡，容易出现脊柱侧弯。据统计，约30%的脑瘫患儿会合并脊柱侧弯。另外，脊髓灰质炎后遗症患者，因为患病后肌肉功能受损，也可能引发脊柱侧弯。肌肉病变： 一些肌肉疾病，比如进行性肌营养不良症，会使肌肉逐渐萎缩无力，影响脊柱的正常力学平衡，从而导致脊柱侧弯。这类患者的肌肉力量逐渐下降，无法维持脊柱的正常生理曲度，随着病情发展，脊柱侧弯会逐渐加重。
综合征相关因素导致
神经纤维瘤病： 这是一种常染色体显性遗传性疾病，患者除了皮肤出现咖啡斑等表现外，还常常合并脊柱侧弯。神经纤维瘤会累及脊柱周围的组织，影响脊柱的稳定性和生长发育，导致脊柱侧弯的发生。研究发现，约50%的神经纤维瘤病患者会出现脊柱侧弯。马方综合征： 这是一种结缔组织病，患者的结缔组织发育异常，除了有心血管系统等方面的表现外，也容易出现脊柱侧弯。其发病机制与结缔组织异常导致脊柱的支撑结构异常有关，使得脊柱在生长过程中容易发生侧弯变形。