来例假时肚子疼腰疼主要是因为前列腺素分泌增多以及子宫收缩等原因。一般来说，女性在月经期间，体内前列腺素水平会升高，这会引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现痛经，同时，前列腺素还可能影响到腰部等部位的平滑肌，导致腰疼。
生理原因导致的疼痛
子宫内膜前列腺素分泌异常： 女性月经期间，子宫内膜会合成并释放较多的前列腺素F2α和前列腺素E2，尤其是前列腺素F2α增多时，会引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧，进而出现痛经，疼痛可能会放射到腰部，引起腰疼。一般这种情况在月经的前1 - 2天比较明显。子宫收缩因素： 月经时子宫的收缩是为了将经血排出体外，但如果子宫收缩过强、不协调，就会导致疼痛，这种异常收缩也可能会牵扯到腰部组织，引发腰疼。
个体差异相关因素
体质因素： 有些女性本身体质比较敏感，对疼痛的耐受程度较低，在月经期间就更容易感受到明显的肚子疼和腰疼。比如一些平时体质较弱、气血不足的女性，来例假时身体的调节能力相对较差，疼痛症状可能更突出。激素水平波动： 除了前列腺素外，月经期间女性体内的雌激素、孕激素等激素水平也会发生变化，这种激素水平的波动也可能会影响到身体的不适反应，部分女性就会表现为肚子疼腰疼。而且不同女性激素水平波动的程度不同，所以疼痛的表现也有差异。
生活方式影响
久坐久站： 如果女性在月经期间仍然长时间久坐或者久站，会影响盆腔的血液循环，导致经血排出不畅，进而加重肚子疼和腰疼的症状。建议月经期间每坐1 - 2小时就起身活动10 - 15分钟。寒冷刺激： 月经期间如果不注意保暖，腹部受到寒冷刺激，会使得子宫血管收缩，加剧子宫缺血、缺氧状态，从而加重肚子疼，同时寒冷也可能引起腰部肌肉收缩，导致腰疼加重。所以月经期间要注意腹部和腰部的保暖，避免接触冷水等。饮食不当： 月经期间如果吃了过多生冷、辛辣刺激性食物，也可能会刺激子宫和腰部组织，诱发或加重肚子疼腰疼。比如大量食用冰淇淋、辣椒等，就可能对身体产生不良影响。