来例假时肚子疼、腰酸主要是因为前列腺素作用和盆腔充血等。女性来月经时，子宫内膜会合成并释放较多前列腺素，前列腺素增多会引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现痛经，同时前列腺素还可能影响胃肠道及心血管系统，导致恶心、呕吐、头晕等不适，这种情况在大约60%的女性中会出现。
前列腺素相关原因
前列腺素过量： 子宫内膜合成前列腺素增加，尤其是前列腺素F2α和前列腺素E2增多，会让子宫强烈收缩，血管痉挛，进而引发肚子痛。一般在月经来潮的前1 - 2天症状比较明显，疼痛程度因人而异。前列腺素影响其他器官： 除了让子宫收缩，前列腺素还会对胃肠道产生作用，导致恶心、呕吐；对心血管系统有影响时，可能会出现头晕等情况，同时也可能参与腰酸的产生机制。
盆腔充血因素
经期盆腔充血： 月经期间盆腔处于充血状态，会压迫周围的神经组织，从而引起腰酸。这种充血是正常的生理现象，但充血严重时就会加重腰酸的感觉，一般月经前一两天盆腔充血就开始逐渐明显。子宫位置影响： 如果子宫位置过度前倾前屈或者后倾后屈，会影响盆腔血液回流，加重盆腔充血，进而使肚子疼、腰酸的情况更明显。比如后倾后屈的子宫，经血排出不畅，子宫需要加强收缩来促进经血排出，这就会加重痛经和腰酸。
个体差异相关
体质不同表现异： 每个人的身体体质不一样，有些女性本身对疼痛比较敏感，即使前列腺素水平不是特别高，也会感觉肚子疼得很明显，同时腰酸的感觉也更强烈。而体质相对较好、对疼痛耐受度高的女性，可能肚子疼、腰酸的症状就相对轻一些。激素变化影响： 月经期间体内激素水平波动较大，除了前列腺素，其他激素如雌激素、孕激素等的变化也可能影响身体的反应，导致不同女性来例假时肚子疼、腰酸的程度和表现有差异。比如雌激素水平变化可能会影响盆腔组织的敏感性，从而影响腰酸和肚子疼的感觉。