甲状腺功能减退主要是由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。其中，自身免疫损伤是最常见的原因，约占90%以上。比如自身免疫性甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎等，患者体内会产生攻击甲状腺的自身抗体，破坏甲状腺组织，影响甲状腺激素的正常合成与分泌。
自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎： 像桥本甲状腺炎，是一种常见的自身免疫性疾病，机体免疫系统错误地将甲状腺组织当作外来异物进行攻击，导致甲状腺滤泡细胞受损，甲状腺激素合成减少。据统计，在甲状腺功能减退患者中，因自身免疫性甲状腺炎引起的占比较大。其他自身免疫性疾病关联： 一些其他自身免疫性疾病也可能与甲状腺功能减退相关，比如1型糖尿病患者中，发生甲状腺功能减退的风险较普通人有所增加，这是因为自身免疫机制可能同时影响多个内分泌器官。
甲状腺破坏因素
放射性碘治疗： 对于甲亢患者进行放射性碘治疗时，放射性碘会破坏甲状腺组织细胞，从而影响甲状腺激素的产生。一般在放射性碘治疗后的数月至数年，可能会逐渐出现甲状腺功能减退的情况。手术切除甲状腺： 如果因甲状腺肿瘤等疾病进行了甲状腺大部分或全部切除手术，那么剩余的甲状腺组织可能无法产生足够的甲状腺激素来维持机体正常代谢，也会引发甲状腺功能减退。例如，甲状腺癌患者进行手术治疗后，约有一半左右在术后会出现不同程度的甲状腺功能减退。
碘摄入异常因素
碘缺乏： 当人体长期处于碘缺乏的环境中时，会影响甲状腺激素的合成。因为碘是合成甲状腺激素的重要原料，碘摄入不足会导致甲状腺激素合成减少，进而引起甲状腺功能减退。在一些远离海洋的内陆地区，由于饮食中碘含量较低，人群中甲状腺功能减退的发生率相对较高。碘过量： 虽然碘缺乏会引发问题，但碘过量也可能导致甲状腺功能紊乱。短时间内摄入大量碘，可能会影响甲状腺的正常功能，抑制甲状腺激素的释放等，从而引发甲状腺功能减退。比如长期大量服用含碘药物等情况，就可能导致碘过量相关的甲状腺功能减退。