巧克力囊肿主要是子宫内膜异位症的一种病变，它的形成与多种因素相关。一般认为，经血逆流是导致巧克力囊肿的重要原因之一，据统计，约有10% - 15%的女性存在经血逆流的情况，而其中部分人就可能发展为巧克力囊肿。
经血逆流相关因素
经期宫腔操作： 经期进行宫腔内手术，如刮宫等操作，会增加经血逆流的风险，使得子宫内膜组织有更多机会种植到卵巢等部位，进而引发巧克力囊肿。比如有些女性因意外怀孕进行过不规范的刮宫手术，之后就可能出现巧克力囊肿。月经周期异常： 月经周期过长、过短或者月经量过多等月经周期异常的情况，会使经血逆流的几率升高。正常月经周期一般在21 - 35天，若月经周期偏离这个范围，就需要留意是否存在相关风险。
免疫因素影响
自身免疫功能缺陷： 当人体自身免疫功能出现缺陷时，免疫系统不能正常识别和清除异位的子宫内膜组织，就容易让子宫内膜组织在卵巢等部位生长，逐渐形成巧克力囊肿。例如一些患有自身免疫性疾病的女性，相对更易发生巧克力囊肿。炎症反应参与： 盆腔部位的慢性炎症会刺激子宫内膜组织异位生长。长期存在的盆腔炎症，会改变盆腔内环境，为子宫内膜组织的种植和生长创造条件，进而增加巧克力囊肿的发生几率。
遗传因素关联
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症相关疾病，那么个体患巧克力囊肿的风险会有所升高。研究发现，约15% - 20%的巧克力囊肿患者有家族遗传背景，遗传基因可能影响到子宫内膜的代谢等过程，使得发生异位种植的可能性增加。