口腔溃疡的诱因较多，其中约80%是复发性阿弗他溃疡，它的发生可能与遗传、免疫、环境等多种因素有关。比如有研究发现，约40%的患者有家族遗传倾向。另外，精神紧张、压力大时也容易长口腔溃疡，像考试前、工作压力大的人群发生率会增高。还有缺乏某些营养素也会引发，比如缺乏维生素B12、铁、锌等，据统计，约20%的口腔溃疡患者存在维生素B12水平偏低的情况。
局部创伤因素
口腔内机械刺激： 牙齿咬伤、刷牙时用力过猛擦伤口腔黏膜等都可能引发口腔溃疡。比如不小心咬到颊黏膜，短时间内就可能出现溃疡创面。不良修复体刺激： 不合适的假牙、牙套等修复体，长时间摩擦口腔黏膜，也容易导致口腔溃疡。例如佩戴的假牙边缘不光滑，持续摩擦口腔组织，就会引发局部溃疡。
全身系统性疾病
消化系统疾病： 像胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等消化系统疾病，可能会增加口腔溃疡的发病几率。有研究表明，约30% - 40%的口腔溃疡患者伴有消化系统疾病，比如患有胃溃疡的患者，口腔溃疡复发的频率可能相对更高。内分泌紊乱： 女性在月经周期前后，体内激素水平变化较大，容易出现口腔溃疡。比如月经前1 - 2周，部分女性会发现口腔溃疡发作频繁，这与雌激素水平下降等内分泌变化有关。
免疫系统异常
自身免疫反应： 当人体免疫系统出现异常时，可能会攻击自身的口腔黏膜组织，引发口腔溃疡。例如患有白塞病的患者，除了口腔溃疡外，还可能出现眼部、生殖器等部位的病变，这就是免疫系统异常导致的多系统损害。免疫功能低下： 长期熬夜、过度劳累、患有艾滋病等导致免疫功能低下的情况，会使身体抵御病原体的能力下降，更容易发生口腔溃疡。比如艾滋病患者由于免疫功能严重受损，口腔溃疡往往反复发作且难以愈合。