口腔溃疡的发生原因有多种。一般来说，口腔溃疡可能由多种因素导致，其中免疫力低下是常见原因之一，比如当人体免疫力处于较低水平时，就更容易受到病菌等的侵袭从而引发口腔溃疡，有研究表明约40%的口腔溃疡患者存在免疫力相对低下的情况。
局部创伤因素
口腔咬伤： 比如吃饭时不小心咬到口腔黏膜，就可能引发口腔溃疡。这种情况在日常生活中较为常见，比如匆忙进食或者咀嚼过快时容易发生。尖锐牙尖刺激： 口腔内如果有过长的智齿或者不整齐的牙齿，其尖锐的牙尖会持续摩擦口腔黏膜，长时间下来就会导致口腔溃疡的出现。例如有患者因为长期存在尖锐牙尖刺激，口腔溃疡反复不愈。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B2、维生素B12等维生素时，容易引发口腔溃疡。像长期饮食不均衡，只爱吃精细食物而忽略蔬菜、水果摄入的人群，就容易出现维生素缺乏进而导致口腔溃疡。有统计显示，约30%的口腔溃疡患者存在维生素B2缺乏的情况。微量元素缺乏： 缺乏铁、锌等微量元素也可能诱发口腔溃疡。比如一些素食者，如果饮食中不能保证足够的微量元素摄入，就容易出现口腔溃疡问题。
系统性疾病因素
消化系统疾病： 患有胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等消化系统疾病时，可能会引发口腔溃疡。这是因为消化系统功能紊乱会影响营养物质的吸收，进而影响口腔黏膜的健康。例如有胃溃疡患者同时伴有口腔溃疡反复发作的情况。内分泌变化： 女性在月经周期前后，体内雌激素水平发生变化，可能会诱发口腔溃疡。有研究发现，约60%的女性患者在月经前期口腔溃疡易复发，与体内雌激素水平波动有关。