肾病综合症的发病原因较为复杂，它是由多种病因引起的，以肾小球基膜通透性增加伴肾小球滤过率降低等肾小球病变为主的一组综合征。目前认为，约30%的肾病综合症可能与免疫因素有关，比如自身免疫紊乱时，免疫系统错误地攻击肾脏组织，导致肾小球的正常结构和功能被破坏，引发肾病综合症。
自身免疫因素相关
免疫系统异常攻击： 当人体的免疫系统出现紊乱时，会产生一些异常的抗体，这些抗体可能会攻击肾脏的肾小球滤过膜。例如，某些自身免疫性疾病，像系统性红斑狼疮患者，体内会产生针对自身组织的抗体，其中就有可能损伤肾脏，进而引发肾病综合症。据统计，在系统性红斑狼疮患者中，约有50% - 70%会出现肾脏受累的情况，而肾脏受累就可能表现为肾病综合症。遗传易感性： 部分肾病综合症的发生与遗传因素有关。一些人天生就携带与肾病综合症发病相关的基因，使得他们比其他人更容易受到各种致病因素的影响而患上肾病综合症。比如，某些家族中可能存在特定基因的突变，使得家族成员患肾病综合症的风险比普通人群高。
感染因素相关
细菌感染： 细菌感染可能会诱发肾病综合症。比如链球菌感染后，有可能引发急性肾小球肾炎，若没有得到及时有效的治疗，病情迁延不愈就可能发展为肾病综合症。在一些感染链球菌的人群中，约有1% - 5%会逐渐出现肾病综合症的相关表现。病毒感染： 病毒感染也与肾病综合症的发生有一定关系。例如乙肝病毒感染，乙肝病毒可以在肾脏内沉积，引发免疫反应，损伤肾小球滤过膜，从而导致肾病综合症。有研究发现，在乙肝相关的肾病患者中，相当一部分表现为肾病综合症的症状。
药物或毒物因素相关
某些药物： 一些药物可能会引起肾脏的损伤，进而导致肾病综合症。比如某些抗生素，长期或大量使用某些抗生素可能会对肾脏造成毒性作用，损伤肾小球等结构。像含有马兜铃酸的中药，如果长期服用，可能会导致肾小管间质损伤，严重时可引发肾病综合症。毒物接触： 长期接触某些毒物也可能诱发肾病综合症。例如长期接触重金属汞，汞会在体内蓄积，损伤肾脏组织，影响肾小球的功能，增加患肾病综合症的风险。