自身免疫性甲状腺炎的治疗需根据不同情况来定。一般来说，若甲状腺功能正常，通常不需要特殊治疗，但要定期监测甲状腺功能，大约每6 - 12个月复查一次。
甲状腺功能减退时的治疗
左甲状腺素钠片治疗：当自身免疫性甲状腺炎导致甲状腺功能减退时，常用左甲状腺素钠片来补充甲状腺激素。它能模拟甲状腺分泌的甲状腺素，维持机体正常代谢。一般需要终身服用，且要根据甲状腺功能检查结果调整剂量。特殊人群注意：老年患者使用左甲状腺素钠片时要谨慎，起始剂量宜小，因为老年患者对甲状腺激素的敏感性可能增高，避免出现心动过速等不良反应。
甲状腺肿大明显时的处理
观察与评估：如果甲状腺肿大明显且压迫周围组织，如引起呼吸困难、吞咽困难等，需要评估是否需要干预。可通过超声等检查观察甲状腺肿大的程度和周围组织受压情况。激素治疗考量：对于一些病情进展较快、甲状腺肿大明显伴有疼痛等炎症表现的患者，可能会考虑短期使用糖皮质激素，如泼尼松，但糖皮质激素有较多副作用，需严格掌握适应证和疗程。
合并其他自身免疫性疾病时的治疗
协同管理：自身免疫性甲状腺炎可能合并其他自身免疫性疾病，如类风湿关节炎等。此时需要多学科协同管理。对于合并类风湿关节炎的患者，在治疗甲状腺炎的同时，要根据类风湿关节炎的病情使用相应药物，如非甾体抗炎药等，但要注意药物之间的相互作用。定期全面检查：要定期进行全面的自身抗体等检查，监测其他自身免疫性疾病的病情变化，以便及时调整治疗方案。