自身免疫性甲状腺炎的治疗需根据不同情况来定。一般来说，若甲状腺功能正常，通常以定期监测为主；若出现甲状腺功能减退，可能需要补充甲状腺激素。
甲状腺功能正常时的处理
定期监测甲状腺功能： 患者需要每6 - 12个月检查一次甲状腺功能，包括促甲状腺激素（TSH）、甲状腺素（T4）等指标，及时了解甲状腺功能状态。观察甲状腺肿大情况： 要留意甲状腺肿大是否有变化，比如肿大是否加重等，如果甲状腺肿大明显影响外观或者压迫周围组织，可能需要进一步评估是否需要干预。
甲状腺功能减退时的治疗
甲状腺激素替代治疗： 当自身免疫性甲状腺炎导致甲状腺功能减退时，通常会使用左甲状腺素钠片进行替代治疗。左甲状腺素钠片可以补充体内缺乏的甲状腺激素，维持机体正常的代谢功能。个体化调整剂量： 起始剂量一般要根据患者的年龄、体重、病情等因素来确定，之后需要根据甲状腺功能的监测结果来调整剂量，一般每4 - 6周需要复查甲状腺功能，根据TSH等指标调整药物剂量，使甲状腺功能维持在正常范围。
甲状腺功能亢进时的处理（少数情况）
对症治疗： 如果自身免疫性甲状腺炎偶尔出现短暂的甲状腺功能亢进，症状较轻时可以采用对症治疗，比如使用β受体阻滞剂，像普萘洛尔，来缓解心慌、手抖等症状。谨慎使用抗甲状腺药物： 一般不首选抗甲状腺药物治疗，因为自身免疫性甲状腺炎导致的甲亢往往是暂时的，而且使用抗甲状腺药物可能会加重甲状腺功能减退的风险，只有在甲亢症状非常严重时才会谨慎选用抗甲状腺药物，并且需要密切监测甲状腺功能变化。
生活方式的调整
合理饮食： 保证均衡饮食，适当摄入富含碘的食物，但要注意不要过量。比如正常成年人每天碘的适宜摄入量是150微克左右，可通过食用加碘盐来获取，但如果是碘致甲状腺肿患者则需要控制碘的摄入。适度运动： 保持适度的运动，每周可以进行至少150分钟的中等强度有氧运动，如快走、慢跑等，运动有助于提高身体免疫力，对自身免疫性甲状腺炎的病情控制有一定帮助，但要避免过度劳累。