功能性子宫出血是由于神经内分泌系统功能失调引起的异常子宫出血，其发生原因较多。一般来说，内分泌失调是常见因素之一，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能紊乱，就可能导致功能性子宫出血。
内分泌失调因素
下丘脑 - 垂体功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素节律异常，或者垂体分泌的促性腺激素比例失调，都可能干扰正常的月经周期，引发功能性子宫出血。比如长期精神紧张、压力过大等，可能影响下丘脑功能，进而影响垂体分泌激素的平衡。卵巢功能问题： 卵巢排卵异常时，会影响孕激素的分泌。正常情况下，排卵后卵巢会分泌孕激素，使子宫内膜由增生期转为分泌期，如果排卵异常，孕激素分泌不足，就容易导致子宫内膜不规则脱落，引起功能性子宫出血。
全身性疾病影响
血液系统疾病： 像血小板减少性紫癜、白血病等血液系统疾病，会影响凝血功能，从而导致子宫出血异常。例如血小板减少性紫癜患者，体内血小板数量减少或功能异常，凝血机制出现障碍，就可能出现功能性子宫出血的情况。甲状腺功能异常： 甲状腺功能亢进或减退都会影响内分泌系统，进而影响月经。甲状腺激素分泌异常会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，导致月经紊乱，出现功能性子宫出血现象。比如甲状腺功能亢进时，身体代谢加快，可能影响激素的正常调节。
子宫内膜局部因素
子宫内膜修复不全： 正常情况下，月经结束后子宫内膜会迅速修复。但如果子宫内膜修复不全，就会导致子宫出血时间延长或淋漓不尽。例如一些女性在流产后，子宫内膜修复受到影响，就可能出现功能性子宫出血。子宫内膜息肉： 子宫内膜息肉会影响子宫的正常收缩和内膜的正常脱落，从而引起功能性子宫出血。子宫内膜息肉是由子宫内膜局部过度增生所致，可单个或多个存在，大小不等，小的仅几毫米，大的可充满宫腔。