早上起来小腿肌肉酸痛的主要原因有多种。比如运动相关因素，若前一天进行了大量运动，尤其是无氧运动，像快跑、爬山等，就容易导致小腿肌肉产生乳酸堆积，一般这种情况在运动后的1 - 2天内可能会出现酸痛，尤其是早上起来时较为明显。
运动相关原因
过度运动： 如果前一天进行了长时间或高强度的运动，小腿肌肉在运动过程中会进行无氧呼吸，产生乳酸。当乳酸堆积在小腿肌肉中时，早上起来就容易出现酸痛感。例如，有些人连续爬了几个小时的山，第二天早上小腿肌肉就可能酸痛。运动姿势不当： 运动时姿势不正确，会使小腿肌肉受力不均衡，也容易导致肌肉劳损，进而在早上出现酸痛。比如跑步时步伐过大且频率过快，会增加小腿肌肉的负担。
疾病因素
腰椎间盘突出症： 当腰椎间盘突出压迫到支配小腿的神经时，可能会引起小腿肌肉酸痛，这种酸痛往往在早上起床后比较明显，还可能伴有下肢麻木等症状。一般多见于长期久坐、腰部受伤等人群。下肢血管病变： 如下肢静脉曲张、下肢动脉闭塞等疾病，会影响小腿的血液循环。血液循环不畅会导致肌肉缺氧、营养供应不足等，从而引起早上起来小腿肌肉酸痛。例如下肢静脉曲张患者，由于静脉回流受阻，早上可能会感觉小腿不适。
其他因素
寒冷刺激： 晚上睡眠时如果小腿暴露在外，受到寒冷刺激，会使小腿肌肉血管收缩，血液循环变差，早上起来就容易出现酸痛。比如冬天睡觉没盖好被子，小腿受凉后，第二天早上可能就会酸痛。缺钙： 老年人、孕妇等人群容易缺钙，当身体缺钙时，肌肉的兴奋性会增加，容易出现痉挛、酸痛等情况，早上起来小腿肌肉酸痛就是常见表现之一。例如孕妇在孕期对钙的需求增加，如果没有及时补充，就可能出现这种情况。