早上起来小腿肌肉酸痛可能由多种原因引起。比如运动相关因素，若前一天进行了较剧烈的运动，尤其是无氧运动，像1 - 2小时的快跑、跳绳等，就容易导致小腿肌肉产生乳酸堆积，从而在早上出现酸痛，这种情况较为常见。
运动相关因素
过度运动后： 当进行长时间或高强度运动时，小腿肌肉会进行无氧呼吸产生乳酸。一般运动后1 - 2天内可能会出现酸痛，尤其是突然增加运动量或者进行不熟悉的运动项目后。比如平时很少跑步的人，突然跑了5公里，第二天早上很可能小腿肌肉酸痛。运动姿势不当： 如果运动时小腿肌肉发力不当，也容易造成肌肉细微损伤，进而在早上表现为酸痛。例如跳绳时姿势不正确，小腿肌肉受力不均衡，就可能引发这种情况。
肌肉劳损因素
长期站立或行走： 一些职业需要长期站立或行走，像售货员、教师等，小腿肌肉长时间处于紧张状态，容易劳损。如果一天站立或行走超过6 - 8小时，晚上休息后早上可能就会感觉小腿肌肉酸痛。久坐后突然活动： 长时间坐着后突然活动，小腿肌肉没有适应，也可能导致劳损性酸痛。比如长时间坐在办公室，突然起身快走，就可能出现这种情况。
疾病相关因素
腰椎间盘突出： 当腰椎间盘突出压迫到支配小腿的神经时，可能会引起小腿肌肉酸痛。这种情况一般还会伴有下肢麻木、疼痛等症状，而且酸痛可能不是单纯早上出现，可能全天都有，并且会随着病情变化而加重。缺钙： 老年人或者孕妇等人群容易缺钙，血钙浓度降低会引起肌肉兴奋性增高，导致小腿肌肉痉挛、酸痛。尤其是孕妇在孕期，对钙的需求增加，若没有及时补充，早上可能就会出现小腿肌肉酸痛，一般每天钙的需求量孕妇比普通人多，大概需要1000 - 1200毫克。