睡醒起来眼睛疼，通常多考虑是由眼疲劳引发，不过也可能是麦粒肿、结膜炎等因素所致，需依据不同情况予以针对性处置。
一、眼疲劳
如果在睡前长时间熬夜使用手机、电脑等电子设备，就容易导致眼疲劳，进而出现眼睛干涩、疼痛等表现。可通过局部热敷的方法来改善，日常生活中一定要注意科学合理用眼。
二、麦粒肿
一般是因细菌感染而导致的急性化脓性炎症，会有眼部疼痛、充血等症状。可遵循医嘱使用红霉素眼膏、左氧氟沙星滴眼液等药物进行改善，平时需注意保持眼部的清洁卫生。
三、结膜炎
是一种较为常见的发生在结膜组织的炎症性疾病，通常会有眼睛发红、疼痛等不适症状。可遵循医嘱使用阿昔洛韦滴眼液、妥布霉素滴眼液等药物进行缓解，平时切不可用脏手揉眼睛。
此外，还可能是角膜炎、青光眼等原因引起的，建议要及时就医诊断。
总之，睡醒后眼睛疼的原因多样，要根据具体情况来判断和处理。如果症状持续不缓解或加重，应尽快寻求专业医生的帮助。