新型肺炎主要通过病原学检查、胸部影像学检查以及临床表现等来确诊。一般来说，疑似新型肺炎的患者需要进行多项检查综合判断。
病原学检查方面
呼吸道标本或血液标本实时荧光RT - PCR检测： 如果在呼吸道标本（如鼻咽拭子、痰等）或血液标本中实时荧光RT - PCR检测出新型冠状病毒核酸，即可确诊。例如，通过特定的检测试剂盒，对样本中的病毒遗传物质进行扩增检测，如果达到阳性标准，就提示存在新型冠状病毒感染。病毒基因测序： 当实时荧光RT - PCR检测结果为阳性时，还需要进行病毒基因测序，如果与已知的新型冠状病毒基因高度同源，也可确诊。
胸部影像学检查方面
早期表现： 在胸部CT等影像学检查中，早期新型肺炎患者可呈现多发小斑片影及间质改变，以肺外带明显。随着病情进展，可发展为双肺多发磨玻璃影、浸润影，严重者可出现肺实变，胸腔积液少见。通过胸部影像学的动态变化，结合临床症状等也有助于辅助诊断。
临床表现结合判断方面
流行病学史： 发病前14天内有武汉市及周边地区，或其他有本地病例持续传播地区的旅行史或居住史；或发病前14天内曾接触过来自上述地区的发热或有呼吸道症状的患者；或聚集性发病。如果有这些流行病学史，再结合相应的检查结果，对确诊有重要提示作用。临床表现： 患者多有发热、干咳、乏力等表现，少数患者伴有鼻塞、流涕、咽痛、肌痛和腹泻等症状。但这些临床表现不具有特异性，需要结合实验室检查和影像学检查等综合判断。例如，一个有武汉旅居史的人，出现发热、干咳症状，同时病原学检查核酸阳性，胸部影像学有相应表现，就很可能被确诊为新型肺炎。