新型肺炎主要通过多种方式综合确诊，一般来说，医生会结合流行病学史、临床表现和实验室检查等进行判断。首先，流行病学史很关键，比如14天内有武汉市及周边地区，或其他有病例报告地区的旅行史或居住史；或发病前14天内接触过新型冠状病毒感染的患者或无症状感染者；或聚集性发病（14天内在小范围如家庭、办公室、学校班级等场所，出现2例及以上发热和/或呼吸道症状的病例）。
临床表现方面
常见症状：患者多有发热表现，体温可在37.3℃以上，还可能出现干咳、乏力等症状，部分患者会有鼻塞、流涕、咽痛、肌痛和腹泻等症状。重症患者多在发病一周后出现呼吸困难和（或）低氧血症，严重者快速进展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒症休克、难以纠正的代谢性酸中毒和出凝血功能障碍及多器官功能衰竭等。
实验室检查情况
血常规：早期白细胞总数正常或减低，淋巴细胞计数减少，部分患者可出现肝酶、乳酸脱氢酶、肌酶和肌红蛋白增高；部分危重者可见肌钙蛋白增高。病原学检查：
- 核酸检测：采用实时荧光RT-PCR方法在鼻咽拭子、痰和其他下呼吸道分泌物、血液、粪便等标本中检测新型冠状病毒核酸。一般来说，若实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸呈阳性可确诊。
- 基因测序：病毒基因测序与已知的新型冠状病毒高度同源，也可明确诊断。
胸部影像学特征
早期呈现多发小斑片影及间质改变，以肺外带明显。进而发展为双肺多发磨玻璃影、浸润影，严重者可出现肺实变，胸腔积液少见。通过胸部CT等影像学检查发现典型的影像学改变，结合其他检查也有助于确诊。