肠道菌群失调症的症状多样，常见的有消化系统方面的表现。比如约有30% - 50%的患者会出现腹泻，粪便多为黄色水样便，每天排便次数可能在3 - 10次不等；还有部分患者会有便秘情况，排便困难，间隔时间延长。
消化系统症状表现
腹泻： 是肠道菌群失调较常见的症状之一，粪便多呈稀糊状，可能伴有未消化的食物残渣，这是因为肠道菌群失衡影响了正常的消化吸收功能，导致肠道蠕动紊乱。便秘： 肠道菌群失调时，有益菌减少，可能使肠道动力不足，大便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，从而出现便秘，排便时感觉费力，粪便干结。
肠道功能紊乱相关症状
腹胀： 约20% - 40%的患者会有腹胀感，由于肠道内菌群失调，产气菌增多，产生过多气体，而肠道排气不畅，就会出现腹部胀满不适的感觉。腹痛： 部分患者会有不同程度的腹痛，多为隐痛或胀痛，疼痛部位不固定，这是因为肠道菌群失调导致肠道痉挛或炎症反应引起的。
全身伴随症状
营养不良表现： 长期肠道菌群失调可能会影响营养物质的吸收，导致患者出现体重下降，约10% - 20%的患者会有体重减轻情况，同时可能伴有乏力、精神不振等，因为营养摄入不足或吸收障碍影响了身体的正常代谢。免疫力下降相关： 肠道菌群与人体免疫力密切相关，菌群失调可能使免疫力降低，患者容易出现反复感冒、呼吸道感染等情况，约有15% - 30%的患者会比常人更易患病。