肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。比如肛腺开口于直肠肛管部位，若此处受到粪便等异物堵塞，就容易引发感染，进而向周围组织蔓延形成脓肿。
肛腺感染引发
肛腺阻塞： 当粪便中的异物、硬结等堵塞肛腺导管时，肛腺分泌的液体无法正常排出，就会在腺体内积聚，为细菌滋生创造了条件。一般来说，这种阻塞情况在儿童和青少年中相对常见，因为他们的肛腺发育相对活跃，且肠道蠕动等情况容易导致异物堵塞。细菌感染扩散： 肛腺内的细菌大量繁殖后，会引起炎症反应，炎症逐渐向周围的肛管直肠周围间隙蔓延。常见的引起感染的细菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等，这些细菌会不断侵袭周围组织，导致脓肿形成。
肛周皮肤感染导致
皮肤破损感染： 肛周皮肤如果受到外伤，比如被异物划伤、摩擦破损等，细菌就容易从破损处侵入。例如，久坐导致肛周皮肤长期受到压迫摩擦，出现微小破损，若此时不注意局部清洁，细菌就会趁机进入引发感染。一般这种情况在长时间久坐、从事重体力劳动导致肛周摩擦较多的人群中更易发生。皮肤病引发： 一些肛周皮肤病，如湿疹、银屑病等，会使肛周皮肤的屏障功能受损，皮肤的抵抗力下降，从而容易受到细菌感染。像患有肛周湿疹的患者，皮肤会出现瘙痒、渗出等情况，皮肤完整性被破坏，更易引发肛周脓肿。
全身性疾病影响
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖水平较高，有利于细菌生长繁殖，而且自身的免疫功能也会受到一定影响，身体抵抗力下降，容易发生感染，包括肛周感染。据统计，约有10% - 20%的肛周脓肿患者合并有糖尿病。糖尿病患者一旦发生肛周脓肿，病情往往相对较重，恢复也比较缓慢。免疫缺陷人群： 比如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人群等，他们的免疫系统功能低下，对细菌等病原体的抵御能力减弱，更容易受到肛周感染的侵袭，进而引发肛周脓肿。这类人群发生肛周脓肿后，感染容易扩散，治疗难度也相对较大。