肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。肛腺开口于直肠肛瓣处，当粪便干结等原因导致肛瓣受损时，容易引起肛腺感染，感染蔓延至肛周间隙就会形成脓肿。
肛腺感染引发脓肿
肛腺阻塞： 粪便干结、腹泻等情况易使直肠肛瓣受损，进而导致肛腺开口阻塞。肛腺分泌的液体无法正常排出，就为细菌滋生创造了条件。比如长期便秘的人群，粪便频繁刺激肛瓣，更容易出现肛腺阻塞。感染扩散： 肛腺感染后，细菌会沿着肛腺导管向周围的肛周间隙蔓延。肛周有多个间隙，一旦感染扩散到这些间隙内，就会引起组织的化脓性炎症，形成脓肿。
肛门局部损伤导致
外伤磕碰： 肛门部位受到外力撞击、擦伤等，如久坐硬物、剧烈运动时的意外碰撞等，皮肤黏膜受损后，细菌容易侵入伤口引发感染。例如长时间骑自行车的人，肛门部位长时间受到摩擦和压迫，容易出现局部损伤，增加感染风险。医源性损伤： 一些肛门直肠部位的医疗操作，如肠镜检查、肛门指诊等，如果操作不当，也可能导致肛门局部组织损伤，从而引发感染形成脓肿。比如肠镜检查时，若进镜手法不熟练，可能会擦伤肠壁和肛门周围组织。
身体其他部位感染蔓延
肠道炎症蔓延： 像溃疡性结肠炎、克罗恩病等肠道炎症性疾病，炎症可蔓延至肛门周围组织，引发感染形成脓肿。这类患者肠道长期处于炎症状态，局部抵抗力下降，更容易出现肛周感染。全身性感染播散： 当身体其他部位有严重感染时，细菌可通过血液循环播散到肛周组织。比如患有败血症等全身性感染疾病，细菌随血液到达肛周后，会引起局部感染化脓，形成肛周脓肿。