肠结核是由结核分枝杆菌引起的肠道慢性特异性感染，常见症状有腹痛，多为右下腹或脐周隐痛，有时呈痉挛性疼痛，进食可诱发，排便后可缓解，约有1/3的患者会出现这种腹痛表现。
肠道症状表现
腹泻与便秘交替： 溃疡型肠结核常伴腹泻，粪便多为糊状，无脓血，每日数次，重者可达十余次。而增生型肠结核多以便秘为主要表现。腹部肿块： 增生型肠结核可触及腹部肿块，多位于右下腹，质中等硬度、较固定、伴有轻至中度压痛。
全身症状表现
发热： 多数患者有低热或中等度热，午后或傍晚发热较为常见，可伴有盗汗。有些患者体温可呈弛张热或稽留热，伴有毒血症状，如消瘦、乏力、贫血等。约50% - 60%的患者会出现发热相关症状。倦怠消瘦： 患者常感全身倦怠、消瘦，体重下降，这是由于结核分枝杆菌感染导致机体消耗增加，加上肠道吸收功能障碍等因素引起。
其他表现
消化道症状： 患者可能有食欲减退、腹胀等表现，溃疡型肠结核还可能有恶心、呕吐等症状。肠外结核表现： 部分患者可同时伴有肺结核等肠外结核的表现，如咳嗽、咳痰等呼吸道症状。如果是女性患者，还可能出现月经不调等情况。