扁桃体结石形成主要是由于扁桃体隐窝长期阻塞，导致脱落的上皮细胞、细菌、食物残渣等物质堆积，逐渐钙化形成结石。一般来说，扁桃体结石的形成与多种因素相关。
隐窝结构因素
扁桃体隐窝较深： 人的扁桃体表面有许多深浅不一的隐窝，其中腭扁桃体的隐窝最深，可达1-2厘米。当隐窝过深时，就容易使脱落的上皮细胞、细菌等物质积聚在里面。据统计，约有30%的人扁桃体隐窝相对较深，这部分人发生扁桃体结石的风险相对较高。分泌物引流不畅： 正常情况下，扁桃体隐窝内的分泌物可以通过吞咽等动作顺利排出，但如果因为感染、炎症等原因导致隐窝口黏膜水肿、狭窄，分泌物引流就会不畅，进而容易形成结石。比如当扁桃体发生急性炎症时，隐窝口黏膜充血肿胀，更易阻碍分泌物排出。
口腔卫生因素
口腔清洁不到位： 如果日常刷牙不认真，口腔内的食物残渣、细菌等就会在扁桃体隐窝处堆积。例如，每天刷牙时间少于2分钟，或者刷牙方法不正确，不能有效清洁扁桃体周围区域，就会增加扁桃体结石形成的几率。研究发现，口腔卫生差的人群中，扁桃体结石的发生率比口腔卫生良好人群高出约50%。长期吸烟： 吸烟会刺激扁桃体隐窝，使隐窝分泌物增加，同时烟草中的有害物质会影响口腔内的环境，导致细菌更容易滋生，从而促进扁桃体结石的形成。长期吸烟者的扁桃体结石发生率明显高于不吸烟者。
细菌感染因素
链球菌感染： 链球菌是常见的导致扁桃体炎症的细菌，当扁桃体受到链球菌感染时，会引发炎症反应，使得隐窝口肿胀，分泌物排出受阻，进而为结石形成创造条件。有数据显示，约60%的扁桃体结石患者存在链球菌感染的病史。厌氧菌感染： 扁桃体隐窝内本身存在一些厌氧菌，当机体抵抗力下降时，厌氧菌大量繁殖，会与其他物质混合形成结石核心。例如，在感冒、过度劳累等情况下，人体抵抗力降低，厌氧菌更容易在扁桃体隐窝内滋生，增加结石形成风险。