脊椎炎的病因较为复杂，其中遗传因素是一个重要方面，比如强直性脊柱炎与人类白细胞抗原B27（HLA - B27）密切相关，约90%的强直性脊柱炎患者HLA - B27呈阳性。另外，感染因素也可能引发脊椎炎，像某些肠道细菌感染可能与反应性关节炎有关，进而影响脊椎部位。还有自身免疫紊乱，人体免疫系统错误地攻击自身组织，也可能导致脊椎部位出现炎症反应。
遗传因素相关
遗传倾向明显： 强直性脊柱炎具有较强的家族遗传聚集性，如果家族中有亲属患强直性脊柱炎，那么后代患病的风险会比普通人群高很多。研究发现，HLA - B27基因阳性的人群中，患强直性脊柱炎的概率相对较高。遗传传递方式： 它主要是通过常染色体显性遗传方式传递，但并不是说携带HLA - B27基因就一定会发病，只是发病风险增加。
感染因素影响
肠道感染关联： 一些特定的肠道细菌感染，比如志贺菌、沙门菌、耶尔森菌等感染后，可能会引发反应性关节炎，而这种关节炎有可能累及脊椎部位，导致脊椎炎的发生。例如，当肠道受到耶尔森菌感染后，身体的免疫反应可能会波及到脊椎关节，引起炎症。感染引发免疫反应： 细菌等病原体感染人体后，会激活免疫系统，免疫系统在清除病原体的过程中，可能会错误地对脊椎部位的组织进行攻击，从而导致脊椎出现炎症病变。
自身免疫紊乱方面
免疫系统异常攻击： 自身免疫紊乱时，免疫系统中的淋巴细胞等会错误地识别脊椎部位的正常组织为外来的有害物质，进而发起攻击，导致脊椎关节、韧带等部位出现炎症，表现为脊椎炎的相关症状，如疼痛、僵硬等。免疫调节失衡： 正常情况下，免疫系统的调节是平衡的，但在自身免疫紊乱时，这种平衡被打破，导致促炎因子等分泌增多，炎症反应持续存在，影响脊椎的正常结构和功能。