肝内胆管结石的症状因人而异，部分患者可能没有明显症状，而有些患者会出现腹痛、黄疸、发热等表现。约1/3的肝内胆管结石患者可能长期无症状，在体检时偶然发现。
腹痛表现
右上腹隐痛： 这是比较常见的症状，多为间歇性发作。患者右上腹会有轻微的胀痛或隐痛感，一般在进食油腻食物后可能会加重。比如进食了油炸食品后，这种隐痛可能会比平时更明显。右上腹绞痛： 当结石引起胆管梗阻时，可能会出现右上腹的剧烈绞痛，疼痛程度较为严重，患者往往难以忍受，疼痛可向右肩或背部放射，持续时间不等，可能几分钟到数小时。
黄疸表现
皮肤巩膜黄染： 若结石导致胆管梗阻并合并感染，就可能出现黄疸症状。患者的皮肤和巩膜会发黄，尿液颜色也会加深，像浓茶一样，而粪便颜色可能会变浅。一般梗阻不严重时，黄疸可能较轻，梗阻加重时黄疸会更明显。黄疸波动： 肝内胆管结石引起的黄疸有时会出现波动情况，可能在一段时间内黄疸有所减轻，但之后又会加重。这是因为结石位置可能会有变化，胆管梗阻程度有波动。
发热表现
低热或中度发热： 当胆管发生感染时，患者可能会出现发热症状，一般是低热到中度发热，体温多在38℃左右，但也有部分患者体温会更高。发热往往是间歇性的，在感染控制后体温可恢复正常，但容易反复。寒战： 部分患者在发热的同时还会伴有寒战，表现为突然怕冷、打哆嗦，之后体温迅速上升。这是因为细菌感染导致身体出现炎症反应，引起寒战和发热的相继出现。