肝内胆管结石的症状表现多样，部分患者可能长期无症状，而有症状者主要有以下情况。部分患者可能出现上腹部隐痛，约有1/3的患者会有这种表现，一般为间歇性发作。
疼痛相关症状
右上腹隐痛： 这是比较常见的疼痛表现，疼痛程度不一，可能是隐隐作痛，有时在进食油腻食物后会加重。胆管炎相关疼痛： 当结石引起胆管梗阻并继发感染时，会出现右上腹或上腹部剧烈绞痛，可伴有寒战、高热，体温可高达39℃~40℃，这是因为细菌感染导致胆管炎症反应，刺激神经引起剧烈疼痛。
消化系统相关症状
消化不良： 患者可能出现食欲减退、腹胀、嗳气等消化不良症状。这是由于结石影响胆管的正常排泄功能，进而影响消化液的分泌和排泄，导致胃肠消化功能紊乱。恶心、呕吐： 当胆管梗阻严重时，会引起恶心、呕吐，尤其是在进食后症状可能更明显，因为食物的消化需要胆汁的参与，结石梗阻胆管后胆汁分泌和排出受阻，影响食物消化，从而引发恶心、呕吐。
黄疸表现
皮肤巩膜黄染： 部分患者会出现皮肤和巩膜发黄的情况，这是因为结石堵塞胆管，胆汁排泄不畅，胆红素反流入血，导致血液中胆红素浓度升高，从而出现黄疸。黄疸的程度可轻可重，轻度黄疸可能仅表现为皮肤轻度发黄，重度黄疸则全身皮肤明显发黄。
其他可能症状
发热伴寒战： 如前面所说，当合并胆管感染时，除了腹痛外，常伴有发热，体温可波动在38℃以上，同时伴有寒战，这是身体对抗感染的一种表现。慢性肝病表现： 长期的肝内胆管结石可能会导致肝脏损伤，进而出现肝大、肝功能异常等慢性肝病的表现，部分患者可能会有肝区叩痛等情况。