肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占60%~80%。
感染途径一：上行感染
尿道细菌逆行： 当尿道口周围存在细菌时，这些细菌可沿尿道上行进入膀胱，引发膀胱炎，如果细菌继续沿输尿管向上蔓延至肾脏，就会导致肾盂肾炎。比如女性尿道短而宽，细菌更容易侵入，所以女性肾盂肾炎的发病率比男性高。膀胱输尿管反流： 某些情况下，膀胱内的尿液会反流回输尿管甚至肾盂，若尿液中带有细菌，就会增加肾盂感染的风险。比如婴幼儿的膀胱输尿管反流发生率相对较高，就更容易患肾盂肾炎。
感染途径二：血行感染
细菌通过血液传播： 身体其他部位的感染病灶中的细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。例如皮肤感染、疖肿、扁桃体炎等，细菌可随血流进入肾脏。这种情况相对较少见，但在机体免疫力极度低下或有严重感染灶时可能发生。
易感因素影响
尿路梗阻： 如尿路结石、前列腺增生、先天性尿路畸形等，会阻碍尿液的正常排出，使尿液在尿路中潴留，细菌容易在局部繁殖，从而增加肾盂肾炎的发病几率。比如尿路结石患者，结石阻塞尿路后，肾盂肾炎的发病风险明显升高。机体免疫力低下： 糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人以及年老体弱者，机体抵抗力较弱，容易受到细菌侵袭，更易患上肾盂肾炎。例如糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的防御能力下降，细菌感染肾脏的机会增多。妊娠因素： 女性在妊娠期间，由于内分泌的变化和子宫增大压迫输尿管，导致尿液引流不畅，容易发生肾盂肾炎。妊娠中期和晚期的女性肾盂肾炎发生率相对较高。