骨髓炎主要是由细菌感染引起的，其中金黄色葡萄球菌是最常见的致病菌，约占所有骨髓炎致病菌的50%~70%。
创伤性因素引起
开放性骨折导致：当皮肤出现破损，骨折部位直接与外界相通时，细菌就容易侵入骨骼引发骨髓炎。比如，严重的车祸导致小腿开放性骨折，伤口污染严重，这时候细菌很可能趁虚而入，在骨折部位的骨骼中滋生繁殖，从而引发骨髓炎。一般来说，开放性骨折后24小时内如果没有妥善处理伤口，感染骨髓炎的风险会明显增加。医源性创伤引发：一些医疗操作，像骨科手术，如果手术过程中无菌操作不严格，或者术后伤口护理不当，也可能导致细菌感染骨骼引起骨髓炎。例如，关节置换手术后，就有一定概率因为手术中的细菌污染而引发骨髓炎。
血源性感染导致
身体其他部位感染扩散：当身体其他部位有感染病灶时，比如皮肤疖肿、扁桃体炎等，细菌可通过血液循环到达骨骼部位。例如，皮肤疖肿中的金黄色葡萄球菌，可能随着血液流动到达骨骼，在骨骼内定植生长，进而引发骨髓炎。儿童时期，由于血 - 骨屏障发育不完善，更容易通过血源性途径发生骨髓炎。免疫力低下人群更易发生：本身免疫力比较低的人，像糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，身体抵御细菌的能力减弱，血源性感染引发骨髓炎的几率会比正常人高很多。比如，糖尿病患者因为血糖控制不佳，身体的抗感染能力下降，一旦有细菌通过血液到达骨骼，就更容易引发骨髓炎。
慢性感染迁延所致
原有骨髓炎未彻底治愈：如果之前得过骨髓炎，但是治疗不彻底，病情迁延不愈，就可能导致慢性骨髓炎反复发作。例如，曾经患过急性骨髓炎，经过治疗症状有所缓解，但体内仍有少量细菌残留，在身体抵抗力下降等因素影响下，细菌又会活跃起来，导致骨髓炎复发，并且长期不愈，形成慢性骨髓炎状态。感染灶持续存在：一些特殊的感染情况，比如骨骼内存在死骨或者异物等，会成为细菌持续滋生的温床，使得骨髓炎难以治愈，长期慢性感染。像骨折后有碎骨片残留，就可能成为细菌隐藏的地方，导致骨髓炎反复不愈。